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世界上最顽强的生物!高温、真空、辐射都搞不死它

更新:2016-02-29 21:39:39

而当爱丁堡小组还在进行数据优化的时候,北卡小组的论文就发出来了——声称水熊虫基因组中有6600个水平转移基因。他们极为震惊,但还是立刻分析了由北卡小组的鲍勃·高德斯坦(Bob Goldstein)迅速上传到服务器的数据。

令人担忧的是,他们发现北卡的数据包含了很多他们没见过的测序片段——可他们测序的是同一种动物啊!而这些神出鬼没的测序片段大部分都很罕见。基于这点,爱丁堡小组认为北卡小组组装的基因组中有大概30%来自微生物污染。

“如果真是如此,那他们就糟了。”蒙塔纳大学的约翰·麦卡钦(John McCutcheon)说,“但这也很让人惊讶,因为(北卡小组的)大部分工作都非常小心,我觉得他们不会漏掉这种情况(微生物污染)。”

比如说,北卡小组重点研究了他们组装的基因组的107个位点,在这些位点上,源于细菌的基因似乎都紧邻动物基因。他们利用一种技术,从这些基因对的末端开始,复制其间的所有DNA。如果这种技术奏效——大部分也确实奏效了——那就说明两个基因确实是连在同一条DNA链上的,也就是说,源于细菌的基因不可能是污染导致的(译者注:北卡小组在组装好的基因组中,挑选了107个包含外源基因和动物基因,或是包含两个外源基因的片段作为目标序列进行PCR,获得了104个大小吻合的扩增产物)。此外,这107个基因中有54个都在爱丁堡小组列出的疑似水平转移的500个基因名单中。

在很大程度上,这个问题取决于对那6600个被认定是自细菌转移来的基因而言,这107个基因对到底有没有代表性。北卡小组认为如此;爱丁堡小组则不以为然。

亚历桑那大学的大卫·巴尔特鲁斯(David Baltrus)和两个小组均无瓜葛,他说:“我的直觉告诉我,北卡的论文作者——也许并非有意——在挑选这组随机基因对时,有所偏颇了。”

“我想相信广泛的基因水平转移真的发生了,因为这会是个超棒的研究。”巴尔特鲁斯说,“但问题是,超凡的论点需要超凡的证据支持。”

北卡小组的观点遭到质疑还有其他原因。他们估计水熊虫的基因组包含2亿5千万个碱基。爱丁堡小组一开始也这么想,但除去潜在细菌污染后,他们获得了一个小得多的基因组——仅包含1亿3千5百万个碱基。这与其他科学家根据动物细胞大小估计的基因组大小要接近得多。对此,麦卡钦说,测序其他水熊虫的基因组会有所帮助。如果这些被断定是水平转移的基因也存在于其他种的水熊虫基因组内,“那将是非常有力的证据。”

与此同时,爱丁堡小组的苏杰·库玛(Sujai Kumar)表示:“整个事件就是开放科学的一次胜利。”要不是北卡小组自愿而迅速地公开了他们的数据,他的同事们也没法完成分析。即便只是在短短数年前,他们也根本没地方上传论文原稿,也就没法详细阐述相互矛盾的结果来供其他科学家阅读和讨论——而现在,第二篇论文的发表时间与第一篇论文只差九天。

“科学超凡的迅速自我更正的新能力显露无疑。”布拉克斯特说,“几十年前,要耗费数月才能理清的问题,如今瞬间就成了全球杰出科学家的关注焦点,他们能够提出问题、要求作者上传数据、推测可能的新生物学理论,并集体确保科学建立在经过验证的推理之上。”

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